富营养化是一种氮、磷等植物营养物质含量过多所引起的水质污染现象。长江流域的污染排放问题相当严重，化学耗氧量占比全国48%、氨氮站全国47%、总氮站47%、总磷站49.6%。长江口的富营养化程度居高不下，成为我国最大的近海富营养化区域。同时，气候异常导致的大洪水、热浪等因素也会进一步恶化长江口生态异常现象发生的强度。譬如大洪水淡水流量增大，冲淡水面积大幅度扩大，导致污染物影响范围剧增。而外海的低溶解氧浓度的深层水通过上升流也会影响本海域。