长江河口是有全球代表性的人类高强度活动和气候变化共同影响下的特殊环境。我国是世界最大的发展中国家，长江是世界第三长河、第四大河，长江流域11省市面积180万平方公里，占我国陆地面积的近1/5，习总书记在《求是》2018年的文章指出，长江流域11省市的地区生产总值占全国比重超过了45%。

长江流域沿线和长三角既是经济发展的重要区域，也是环境压力最大的区域之一。目前流域生态功能退化依然严重。长江大河与海洋交汇的地方，形成一个特殊的陆地与海洋相互作用区域，也是承接长江流域对海洋生态环境压力首当其冲的区域。习总书记在《求是》指出长江流域污染物排放基数庞大，其中废水、化学需氧量、氨氮排放量分别占全国的43%、37%、43%。

长江口的富营养化程度居高不下，成为我国最大的近海富营养化区域。同时，气候异常导致的大洪水、热浪等因素也会进一步恶化长江口生态异常现象发生的强度。譬如大洪水淡水流量增大，冲淡水面积大幅度扩大，导致污染物影响范围剧增。而外海的低溶解氧浓度的深层水通过上升流也会影响本海域。因此，长江口邻近海域处在人类活动与气候变化共同的强烈影响之下，生态环境失衡具有多重作用的影响，属于世界上少有的理想的生态环境演变研究的场所。

2019年5月，中央政治局审议了《长江三角洲区域一体化发展规划纲要》，把长三角一体化发展上升为国家战略。人口越多和经济越发达的地区，人类与海洋的冲突也越大，越需要处理好经济发展与生态保护的关系。譬如，温州已经成为了全国首个国家海域综合管理创新试点城市和国家海洋经济发展示范区。然而，考虑到海洋的连通性，海洋鱼类活动范围的大尺度特征，温州管辖的海域在长江口及其邻近海域中仅仅是很小的一片，远远满足不了海洋生态大尺度空间规划的需求。以长江大河口为核心，以长江南北两侧的陆架近海为两翼，发展河口、岛屿、陆架等多种生态特征的以支撑保护和修复为目标的系统性的监测和科学研究，是实现长江大保护和长三角一体化科学发展的根本途径。